1964. O carismático padre Flynn tenta acabar com os rígidos costumes da escola St. Nicholas, localizada no Bronx. A diretora do local é a irmã Aloysius Beauvier, que acredita no poder do medo e da disciplina. A escola aceitou recentemente seu primeiro aluno negro, Donald Miller, devido às mudanças políticas da época. Um dia a irmã James conta à diretora suas suspeitas sobre o padre Flynn, de que esteja dando atenção demais a Donald. É o suficiente para que a irmã Aloysius inicie uma cruzada moral contra o padre, tentando a qualquer custo expulsá-lo da escola.